Шаманская пещера впервые осмотрена и описана И. Д. Черским в 1879. Позднее в ней были найдены монеты XVIII века, а в 1989 проведены основательные раскопки и найдены предметы, относящиеся как к недавним временам (XVII—XIX вв.), так и к эпохе неолита (V—III тыс. лет до н. э.). Часть находок хранится в Хужирском музее. Ещё больше археологических находок сделано во время раскопок на перешейке, соединяющем Бурхан с островом. Здесь были найдены стоянка древнего человека, больше десятка захоронений, относящихся к эпохам неолита и бронзового века (V—II тыс. лет до н. э.), и множество предметов: нож и топор из нефрита, наконечники стрел, фрагменты керамики, предметы из камня, кости, железа, бронзы, золота и другие.