Каракольские озера образованы ледником, который когда-то покрывал все вершины Алтая. Изменялся климат, изменялся и ледник. В суровые климатические периоды он спускался ниже, а когда наступало потепление, его «язык» подтягивался к вершинам. Впереди себя ледник толкал огромный вал из обломков горных пород самого различного калибра — от громадных валунов величиной с небольшой дом до песка и глины. Чем мощнее был ледник, тем ниже он сталкивал конечную морену. От степени и длительности похолоданий морена была различной величины, образовывала иногда в долине целую плотину. Таких плотин семь. И семь Каракольских озер. Из этого можно сделать вывод, что семь раз спускался ледник с плоской вершины. Все озёра расположены на ступенях гигантской каровой лестницы, соединены между собой ручьями и находятся друг от друга на расстояниях 300-800 метров.